三菱商事为推进世界各地的珊瑚礁保护研究，从2005年开始，积极开展“珊瑚礁保护工程”。 三菱商事为以产学民共同合作的方式支援此活动，构筑了与学术机构、环境NGO的合作关系。以日本冲绳县为首，从2006年开始，还资助夏威夷诸岛西北部中途岛和印度洋塞舌尔共和国的研究活动，现在共资助着这三个地方的活动。

　　　在日本，在琉球大学和Earthwatch Japan的支持下，与静冈大学一同实施此工程。此工程在调查珊瑚礁白化的原因、促进珊瑚礁的全面保护的同时，还致力于研究并确立科学的恢复方法及其普及。在美国，三菱商事与加利福尼亚大学圣克鲁斯分校在中途岛环礁国立自然保护区里共同开展活动。调查小组正在那里有计划地综合调查气候变动给珊瑚礁带来的影响与珊瑚礁保护的关系。在塞舌尔共和国，三菱商事与Earthwatch Institute欧洲、英国埃塞克斯大学珊瑚研究团体、以及塞舌尔自然保护财团一同，正在进行以珊瑚礁及其周围生态环境的群集生态学为焦点的研究。此工程的研究成果，将用于制定长期观察计划，和向政府以及当地保护团体提出保护珊瑚礁的建议。 此工程最重要的一点是，为对环境的理解和知识的加深，三菱商事的员工们全体都是自愿参加这三项研究活动。一般的志愿者也可以参加，为了提高当地的能力，当地社区和组织从一开始就一同参与了此项工程。